未知の惑星に墜落してしまった「キャプテン・オリマー」。オリマーからの救難信号を受け、救助に向かった「レスキュー隊」もまた遭難してしまいます。最後の希望は、本部に待機していた新米レスキュー隊員の「あなた」だけ。

「あなた」が降り立ったのは、危険な原生生物が多く生息する謎の惑星。そこで出会ったふしぎな生き物「ピクミン」の力を借りて探索していきます。

▼「ピクミン」とは
ピクミンは地面からひっこぬくと、ぞろぞろとついてきます。重いものを運んだり、壁をこわしたり、様々な場面で主人公のためにせっせと働いてくれます。

ピクミンは、原生生物にも勇敢に立ち向かいます。1匹1匹はか弱く、ときには食べられてしまうこともありますが、たくさんのピクミンが力を合わせれば、大きな相手も倒すことができます。

ピクミンには、さまざまな種類がいます。「赤ピクミン」は火に強く、「青ピクミン」は水中を泳ぐことができる…といったような、いろいろな特徴があります。

新たに発見された「氷ピクミン」は、原生生物や水面を凍らせることができます。氷ピクミンに指示をすれば、凍らせた氷の上を主人公たちが進むこともできます。

また、夜にしか現れない「ヒカリピクミン」と共に、原生生物が凶暴化する、危険な夜の探索に繰り出します。

▼相棒「オッチン」
主人公と一緒に行動する宇宙犬の「オッチン」。オッチンだけで重いものを運んだり、背中に主人公とピクミンを乗せて、水の上を渡ることだってできます。また、探しているもののニオイをたどって、その場所まで連れて行ってくれます。

ピクミンやオッチンは、主人公の指示に従って働いてくれます。それぞれの特徴を知り、ダンドリよく正しい指示を出せば、どんなピンチも乗り越えられるでしょう。

▼「ピクミン」を初めてプレイされる方へ
ピクミンはときに原生生物に食べられてしまったり、電気や火にやられてしまい、ピクミンを失ってしまうこともあるかもしれません。そんな時は、少し前に時間を巻き戻し、何度でもやり直すことができます。ピクミンが沢山やられてしまったら、時間を巻き戻し、ピクミンをより上手に導くことができます。

また本作は、ストーリーを2人で遊ぶこともできます。2Pはポインターで原生生物に狙いを定めて「エンゴ射撃」したり、アイテムを使って1Pをサポートすることができます。難しいと思ったら、2Pがサポートしつつ、ストーリーを進めることができます。