1998年にゲームボーイソフトとして発売した『ポケットモンスター ピカチュウ』をベースに、遊び方やシナリオを再構築。
「相棒」となるピカチュウは、主人公の肩や頭に乗っていっしょに行動し、表情豊かな愛らしさと、バトルでの頼もしさを兼ね備えた、キミのパートナーに。
ポケモンを捕まえる楽しさが一新し、「Joy-Con」を振ることでモンスターボールを投げて、ポケモンをゲットすることができるように。シリーズ初の2人同時プレイに対応し、「Joy-Con」をおすそわけすることで、同じ世界を二人で冒険することができます。
また本作では、モンスターボールの形をしたデバイス「モンスターボール Plus」（別売）に対応し、「Joy-Con」の代わりに、コントローラーとして遊ぶことができます。
スマートフォンアプリ『Pokemon GO』とも連動し、『Pokemon GO』で捕まえたカントー地方に登場するポケモンたちを本作に連れて行くこともできます。