本作の主人公ピサロは、魔王である父に魔物と戦えなくなる呪いをかけられ、モンスターマスターとなることを決意。魔界を旅する中でたくさんのモンスターたちを仲間にして、育成や配合をしながら、強敵との戦いを繰り広げていく。
配合システムはこれまでのシリーズから進化。新たな組み合わせで、おなじみのモンスターや魔王など様々なモンスターを生み出すことができる。さらに、通信機能を使って世界中のモンスターマスターと対戦することも可能。
さあ、最強のモンスターマスターを目指して旅立とう！

『ドラゴンクエストモンスターズ３　魔族の王子とエルフの旅　マスターズ版』は、ゲーム本編と、追加DLC「追憶のモグダンジョン」「エビ師範の修練迷宮」「時の無限ボックス」のセット商品です。
さらに、マスターズ版だけの特典として、ゲーム内で主人公の服装を変更できる衣装アイテム「ゴシックコート・赤」、「戦士のゆびわ」「しもふりにく 10個」が付属します。