Crysis 3 Remasteredでは、世界の運命が再びプレイヤーの手に委ねられる。スーパーソルジャーのプロフェットとして戦いに戻り、電気矢、爆発矢、カーボン矢を放つ強力なオートローディングのプレデターボウを操り、かけがえのない平和を脅かす新旧の敵たちに挑んでいく。戦線に復帰したスーパーソルジャーのプロフェットは、エイリアンのアルファ・セフの捜索に乗り出した。だがその結果、ニューヨークを巨大なナノドームに守られた広大な熱帯雨林へと変えてしまったC.E.L.L.コーポレーションの隠された真実を暴くことになる。伝説のナノスーツを身にまとい、カスタマイズや攻撃を行い、道を自由に選んで、7つの異なる地区で戦闘を繰り広げる。ナノスーツの優れたテクノロジーを駆使して敵を殲滅せよ。ステルスを駆使して目的を達成し、人類の平穏を取り戻せ。もう人類には戦う以外の道が残されていない。