衝撃的な前作に続き、気候変動で荒廃した世界にエイリアンたちが舞い戻る。宇宙からの侵略者たちがニューヨークを蹂躙し、人類を根絶やしにすべく襲撃を始めた。反撃の鍵となるテクノロジーを使いこなせるのは主人公の君だけだ。アップグレードされたナノスーツ2.0を装備したスーパーソルジャーとして、画期的なステルス、アーマー、パワーを駆使して戦場を生き残れ。ナノスーツや武器をリアルタイムでカスタマイズし、驚異的な力を解き放って人類の存続をかけた戦いに立ち向かっていく。