そう遠くはない未来、とある人工知能があらゆるAIや政府の頂点に立った。一つのニューラルネットワークに接続された永続的な統合世界、社会はその営みをそんなバーチャル世界へと移していた。そこではあらゆる個人情報が処理され、常に人々の体験が最適化されていた。社会の新しい体制に従うことを未だ拒むアウトサイダー、ネイサンは、改造されたハードウェアや海賊版のソフトウェアを扱うスマグラーとして、体制の網をかいくぐりながら生計を立てていた。カスタムされたヘッドセットを持つネイサンは、AVRを切り替え、現実世界をありのままに見ることができる数少ない一人だった。彼は街のアパートで、AVRグラフィティアーティストである恋人のジェイと共に暮らしていた。彼女は、街中に拡張されたスペースの数々を、その豊かな才能と作品で彩っていた。ある朝ネイサンが目を覚ますと、ジェイが姿を消していた。バスルームの鏡には、ジェイからの謎めいたメッセージが残されていた。思いがけず自身のヘッドセットも壊してしまい、ネイサンはAVRだけでなく彼女との繋がりも失ってしまう。ネイサンは、ジェイに何が起こったのかを明らかにしようと、決意を固める。しかし、ほどなくして、ネイサンはジェイの所属するハッカーグループやAVRテクノマンサーのギルドと出会い、予想だにしなかった冒険に巻き込まれてゆく。そして、世界中を旅する中で、ハードウェアの墓場、デジタル考古学、クリプトシャーマンの部族、そして無秩序なバーチャルリアリティーと対峙することとなる。