オフラインで遊ぶことができる一人用のストーリーモードです。
コミック風の物語パートとアクションパートをストーリーに沿って進めていきます。アクションパートではナゾの「スペースニンジャ」とのバトルや、特殊な忍務に挑みます。最終ステージでは巨大ボスとの迫力満点のバトルが楽しめます。
■スペシャルなアイテム
「ニンジャラ ストーリーパック 四ノ巻」では、ここでしか入手できない特別なアイテムがゲットできます。
■ストーリー
源柳斎の元に突然現れたレナードは、スフィンクスバレーの古代遺跡に眠る宝について告げる。
その話を盗み聞きしていたカッペイ、バーン、ルーシーの3人。
彼らはお宝を手に入れるべく、早速スフィンクスバレーへと向かう。
こっそりスフィンクスバレーにたどり着いた3人だが、彼らを出迎えたのは古代遺跡に仕掛けられた危険なワナの数々だった。