オレンジアカデミーの姉妹校である「ブルーベリー学園」へ交換留学をしに行きます。長い歴史を持つオレンジアカデミーとは異なり、ブルーベリー学園は近年新設された学校で、特にポケモンバトルの教育に力を入れています。驚くべきことに学校の大部分は海の中にあります。主人公は授業に参加したり、現地の学生たちと交流したり、一風変わった学校での生活を体験することになります。

※「後編・藍の円盤」のメインストーリーを最後まで進めるには、『ポケットモンスター スカーレット』エンディング後で、さらに「前編・碧の仮面」のメインストーリーを終えている必要があります。