毎年他校と合同開催される「林間学校」のメンバーに選ばれ、「キタカミの里」へと向かいます。キタカミの里は、大きな山がそびえ立ち、その麓に人々が暮らしており、田んぼやりんご園など、パルデア地方とまた違ったのどかな自然が広がっています。また、キタカミの里ではこの時期になると村でお祭りが開催され、様々な屋台が出ていて賑わっているようです。主人公はこの地で、新たな仲間やポケモンと出会い、キタカミの里に伝わる昔話を紐解いていきます。

※「前編・碧の仮面」のメインストーリーを進めるには、『ポケットモンスター スカーレット』で「課外授業の宝探し」が開始している必要があります。「課外授業の宝探し」が開始するまでのプレイの目安時間は約3時間です（個人差があります）。