オフラインで遊ぶことができる一人用のストーリーモードです。
コミック風の物語パートとアクションパートをストーリーに沿って進めていきます。アクションパートではナゾの「スペースニンジャ」とのバトルや、特殊な忍務に挑みます。最終ステージでは巨大ボスとの迫力満点のバトルが楽しめます。
■スペシャルなアイテム
「ニンジャラ ストーリーパック 参ノ巻」では、ここでしか入手できない特別なアイテムがゲットできます。
■ストーリー
WNAは、その活動を世界各国にアピールするため「WNAコンベンション」の開催を決定。
そこで行われる「ニンジャエクストリームスケート」のエキシビジョンに、WNAアカデミーからエマが参加することとなった。
しかし本番当日、エマの身に降りかかった不幸により、代役としてバートンに白羽の矢が立つ。
急きょ出場となったバートン。果たしてエキシビジョンを見事やりとげることができるのだろうか。