フロンティアシェルターのポータルを使って探検していたエージは未知の力によって実験場のような場所へ転送される。この場所には戦闘能力を測定、劣っているところを強化するための装置がある。その目的は「生命体をテストする」こと。全ての実験体は、幾多の実験の繰り返しで完成された「完璧を求める存在」であり、ただデータとして生成する。

その実験場でエージは死んでも無限に復活（Rebirth）する輪廻の存在になり、毎回「違うエージ」が実験台となってしまう。終わるまで抜け出せる術のない実験。果たしてエージは「リバースプロジェクト」から抜け出せるのか。

■ 武器使用のために便宜を強化
「リバースプロジェクト」では本編の相性システムが更新、ダメージが減少する効果は排除、属性などによる不利のないコンボアクションができるようになった。

■ ローグライクでより強化されたアップグレード
「リバースプロジェクト」では長く生き残るするほど強くなっていくシナジー効果がある。本編では能力強化に使ったモジュールだったが、ここでは特殊な効果が与えられるし、アップグレードもシンプルにした。従って、プレイヤーはモジュールとブレイドの特性の組み合わせでこれまでなかった強力な能力を作り出すことができる。