オフラインで遊ぶことができる一人用のストーリーモードです。
コミック風の物語パートとアクションパートをストーリーに沿って進めていきます。アクションパートではナゾの「スペースニンジャ」の追跡やバトルなど、様々な忍務に挑みます。最終ステージでは巨大ボスとの迫力満点のバトルが楽しめます。
■スペシャルなアイテム
「ニンジャラ ストーリーパック 弐ノ巻」では、ここでしか入手できない特別なアイテムがゲットできます。
■ストーリー
ベレッカは源柳斎から忍務を受けてオエドに渡った。
そこで父と共に亡き者となったはずのレナードを目撃する。
「お父さんが生きているかも！」
レナードの後を追うベレッカだったが、そこには恐ろしい陰謀が渦巻いていた。