オフラインで遊ぶことができる一人用のストーリーモードです。
コミック風の物語パートとアクションパートをストーリーに沿って進めていきます。アクションパートではナゾの「スペースニンジャ」の追跡やバトルなど、様々な忍務に挑みます。最終ステージでは巨大ボスとの迫力満点のバトルが楽しめます。
■スペシャルなアイテム
「ニンジャラ ストーリーパック 壱ノ巻」では、ここでしか入手できない特別なアイテムがゲットできます。
■ストーリー
忍者修行中のバーンは、師匠のもとで日々特訓にはげんでいた。
そんなとき、街で子どもが神隠しにあう事件が発生。
事件の裏には「スペースニンジャ」の存在があると確信した師匠は、街の平和を守るべく、バーンに初めての忍務を与える。