巨大なバオバブの木に囲まれたマダガスカル、モアイ像が立ち並ぶイースター島、太陽が輝く晴天のインドネシア、溶岩が猛威をふるうアイスランド。それぞれの島では、新たなタイプの敵が登場し、人類とエックスモーフの最後の戦いが繰り広げられます。