「シャドウストーリー」では、ゲーム本編では語られることのなかった、シャドウとインフィニットのオリジナルストーリーが展開します。また、シャドウがプレイアブルキャラクターとなり、シャドウ専用ステージとモダンソニックのステージをシャドウでプレイ可能となります。