とある事情で、港区の人工島ポートアイランドにある、月光館学園高等部へ編入することになった主人公の少年。
彼が学生寮に入居した数日後、謎の怪物の襲撃を受ける。
その襲撃で図らずも「ペルソナ」と呼ばれる心の力に目覚めた少年は、　
同じくペルソナ能力者が集う組織、特別課外活動部（S.E.E.S.）に加入することになり、
仲間たちと共に世界の謎に立ち向かうこととなる……。

現在大人気のペルソナシリーズのターニングポイントにもなったタイトル「ペルソナ３」が、現在のP-STUDIOの手で装いを新たに現行最新ハードにて生まれ変わります。

シナリオや登場キャラクターなどゲームの根幹はそのままに、操作性の向上、インターフェースを含む
ゲーム全体がよりユーザーフレンドリーになるなど、細部にわたり調整、より遊びやすく。
グラフィックは、フルHDに対応。キャラクター2Dイラスト、3Dモデル、背景デザイン、UIなどすべて美麗に刷新。
キャラクターのサイドエピソードの追加や掛け合いセリフの追加、ボイスシーンの追加。OPをはじめ、作中アニメもすべて新規で制作し、より鮮明に描かれる“あの感動”を再びお届けいたします。