舞台はサイバーパンクな架空都市「ネオサイタマ」。主人公のニンジャスレイヤーを操り、数々の邪悪な敵ニンジャとのハイスピードの戦いを制し、妻子の復讐を果たせ。

　原作となる「ニンジャスレイヤー」は小説、コミックなどでシリーズ累計444万部の大ヒット作品。本作「ニンジャスレイヤー ネオサイタマ炎上」は、コミック版の世界観、キャラクター、グラフィックをベースに作られた。

　二ンジャスレイヤーの攻撃のカギとなるのは、素早いダッシュ攻撃の"ニンジャダッシュ"と、恐ろしい威力を誇る"ヒサツ・ワザ"だ。

「ニンジャスレイヤー」の舞台は、近未来の架空都市「ネオサイタマ」。サイバーパンクな大都市のなかで、8つの特徴的な場所、ステージを駆け巡り、邪悪な敵ニンジャたちを倒し、最終拠点トコロザワ・ピラーにたどり着け。