彼が目を覚ますと、その記憶は失われていた。
自分が誰なのかも分からない。
ここがどこなのかも分からない。
そんな彼のことを「兄さん」と慕う少女が現れた。

――少女の名は『明智光理』。
光理は記憶を失った兄にその名前を告げる。
そう、彼の名前こそ『明智久司朗』。

久司朗は光理と共に『公立葉月学園』に通う。
そこは『聖女』と呼ばれる存在を育成する為のジーニアス機関であった。
聖女という言葉に頭痛を覚える久司朗。
自分はかつて、その言葉に重要な意味を感じていたはず。
だが、どうしても思い出すことが出来ない。
久司朗はその学園で三人の少女たちと出会う。

「最も聖女に近い者」として、ずっと都のある都立弥生学園で育てられてきた少女『奇稲田撫子』
聖女を守る為に結成された聖女騎士団を育成する為の学園、軍立聖エイプリル学園の次期団長『フィアナ・アストレイア』
そして魔道を追求し、能力を研究する機関、国立キサラギ魔道学園で、天才の名を欲しいままにしている才女『サリー・霧宮』

彼女たちに、久司朗は何か予感めいたものを感じる。
それは「彼女らの誰かが聖女になれば、世界は崩壊する」という予感だ。
そして更に久司朗は何者かに命を狙われることになる。

「貴方がこの世界にいると、この世界は滅びてしまうのです」
そう告げる謎の襲撃者『零月』。

絶体絶命の大ピンチ。
だが、その瞬間――久司朗の持つ能力――に見せかけた技術――『高速思考』が目を覚ます。
その瞬間、彼は見たこともない場所。
なのに、どこかで知っている場所に現れていた。
そこは、とても広大な図書館。

「やあ、久しぶり。それとも、初めましてかな？」

そこにいた少女は。
光理と同じ外見を持った少女は語る。

「私はメフィスト。君が世界を壊す為の相棒のようなものだよ、久司朗」
悪魔の名を名乗る少女『メフィスト』と記憶を失った久司朗の新たな戦いが幕を開く。

悪漢でありながらどこか憎めない主人公「明智久司朗」と悪魔「メフィスト」のコンビが織りなす、特殊能力「ギフト」有するジーニアス達との暗闘と恋の物語。
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