『アグノスティコVS』は『アグノスティコORIGINS』の続編で、赤いスカーフの男がミスター・プレイグを倒してから10年後を舞台としています。
リーダーを失った屋敷のモンスターたちは散り散りになり、屋敷とそのリーダーの座を誰が継ぐのかを巡って激しい争いを繰り広げます。
この混沌の中、新たな挑戦者が出現します。かつてミスター・プレイグの奇抜な実験に資金を提供していた裕福な後援者、ドン・ファンチョです。屋敷とその力を我が物にしようと、
ドン・ファンチョは戦場に足を踏み入れ、争いの連鎖を再び巻き起こします。秩序を取り戻し、屋敷が悪の手に落ちるのを防ぐため、赤いスカーフの男は再び舞い戻り、新たな戦いの時代でモンスターと人間の両方に立ち向かわなければなりません。