人や自然に古くから存在する摩訶不思議なパワー“霊煌”。
その扱いを修め魔を祓うことを生業とする“霊奏士”見習いの少年、石動隼人は神和学園で平穏な青春を謳歌していた。

小遣い稼ぎにバイトで御符を作ったり……
気のいい友人たちと他愛ない談笑を楽しんだり……
姉に日頃の感謝として、こっそりプレゼントを計画したりと……
ありふれている代わりに幸福だった日常は、しかし予期せぬ襲撃者の到来で撃ち砕かれる。

学園中が大混乱に陥る最中、仲間を庇って瀕死の重傷を負う隼人。
命が尽きるその寸前、彼はご先祖様が封印した怨念の化身“マガツ”の少女と邂逅を果たす。
それは千年前、平安の世において都を震撼させた十三魔将。
――見目麗しき少女の姿で、災禍鵼・祀怨は微笑んだ。

「よくぞ参った――そこのうつけよ、生きたいか？」
「契約じゃ。妾をその手で解き放て」
「汝に力をくれてやろう」

そして、始まる物語。
煌めくような青春の日々。

「ちっぽけな石ころだって、動き出せばきっと何かを起こせるさ！」

晴れ渡る空のようなマガツバライが幕開ける。