冒険の舞台は、雄大な自然が広がる「ヒスイ地方」。まだポケモントレーナーやポケモンリーグといった概念もない時代の話で、この地はやがて「シンオウ地方」と呼ばれるようになります。

主人公の冒険の目的は、この地ではじめてのポケモン図鑑をつくること。ポケモンの生態を研究する「ラベン博士」との出会いをきっかけに、「コトブキムラ」を拠点に活動する「ギンガ団」の一員として、ポケモンの生態の調査をすることになります。

世界を駆け巡りながらたくさんのポケモンたちを捕まえて図鑑を作り上げていく『ポケットモンスター』シリーズ共通の遊びに加えて、新たなアクション要素が追加。
大自然に生息するポケモンたちの行動に合わせて、隠れながら近づき、狙いを定めてモンスターボールを投げて捕まえたり、バトルで体力を減らして捕まえたり、これまでの『ポケットモンスター』シリーズとは異なるゲーム性になっています。

また、「力業」や「早業」など、新たなバトルシステムが追加されたほか、新たに登場するポケモンや、他の地方とは違うすがたのポケモンも登場。
ポケモンたちとの新しい冒険を楽しむことができます。

物語の鍵を握るポケモン、「アルセウス」。
世界のすべてを生み出したと言われているポケモンですが、果たして、物語にどのように関わってくるのでしょうか。