『ブラスターマスター ゼロ 3』は、 万能戦闘車両「G-ソフィアSV」を操作してエリアを探索するサイドビューマップと、主人公「ジェイソン」を操作してダンジョンを探索するトップビューマップで構成された、 サイドビュー＋トップビュー混成型探索アクションゲームです。

全ての始まりの地「惑星ソフィア」を舞台に、ジェイソンとイヴの物語は、ついにクライマックスを迎えます。

前作『ブラスターマスター ゼロ 2』での、長い宇宙の旅と激闘を経て、ようやく旅の目的地「惑星ソフィア」に辿り着いた、主人公『ジェイソン』と、パートナーの『イヴ』。
しかし、二人を待ち受けていたのは、新たな、そしてかつてない危機だった。
突如、惑星ソフィア軍「ソフィアフォース」からの攻撃を受け、ジェイソンたちは捕らえられ、離ればなれになってしまう。
収監されたソフィアフォース基地から、隙をついて脱走したジェイソンは、万能戦闘車両「G-ソフィアSV」と共に、イヴを救うため、惑星ソフィアを駆ける――。

・『ジェイソンサーガ』完結作！
シリーズの原点「惑星ソフィア」を舞台に描かれる、ジェイソンとイヴの新たな戦いと冒険。
地底から始まり、宇宙を、そして次元を超えて帰結する、ボーイ・ミーツ・ガールの終着点を見届けよう！

・“逆転”がカギとなる『VRVシステム』
ジェイソンはついに次元を超えていく！
新システム『VRVシステム』で、超次元空間に侵入して、“逆転”をテーマに構築された多彩なステージ、ギミックを攻略しよう。

・パワーアップしたアクションシステム
SPメインとサブを分割した『ダブルSPシステム』で、新機体『G-ソフィアSV』の武装がより多彩に活用できる！
ガンレベルシステムを一新。ガンレベルを上げることで、全5種のウェポンタイプがパワーアップする！
状況に応じて遠距離カウンターと近接カウンターを自動的に切り替える『マルチカウンターシステム』で、カウンターアクションがより使いやすく、カッコよく進化！