本作では、前作『ライザのアトリエ ～常闇の女王と秘密の隠れ家～』での冒険から3年後、それぞれの道を歩んでいたライザと仲間たちが再会し、新たな出会いと別れを通じて、またひとつ“大切な何か”を見つける姿を描きます。

《ストーリー》
クーケン島での冒険から3年後、ライザは島に残り、錬金術の修行に励んでいました。そんなある日、王都アスラ・アム・バートにいる友人から「錬金術と関係ある遺跡があるかもしれない」という手紙が届き、時を同じくして、光り輝く謎の石を調べてほしいとの依頼を受けます。錬金術の修行に行き詰まりを感じていたライザは、友人からの誘いと謎の石について調べるため、ひとり王都を目指して旅立ちます。
王都でライザを待っていたのは、かつて共に冒険をした友人たちと新しい仲間、不思議な小動物との出会い。そしておとぎ話のような伝承と謎が隠された遺跡の数々……。
少しだけ大人になったライザたちの、新たな“ひと夏の冒険”がまた始まります。

《本作のポイント》
■フィールドアクションを駆使して探索！
ロープを使った移動、ツタを伝って崖をのぼる、狭い場所をくぐり抜ける、水中を泳ぐなどなど、さまざまなアクションを使ったフィールドや遺跡の探索が楽しめます。

■リアルタイム性とアクション性が増したバトル！
本作のバトルは、前作での「リアルタイムタクティクスバトル」をさらに改良・進化させています。連続してスキルを使ったり、ここぞというときにアイテムで畳みかけたりと、よりリアルタイムなアクション要素を強めたバトルとなっています。

■見た目にわかりやすい調合！
マテリアル環というマスに材料を投入していく「リンケージ調合」をよりわかりやすくし、初めての人も簡単にアイテムを作れるほか、調合上級者もこだわりのアイテムを作り出せます。作ったアイテム同士を掛け合わせる「エボルブリンク」で新たな効果やアイテムをうみだすことも！