豪華ホテルに招待されたルイージ御一行。しかしそれは「キングテレサ」の大ファンであるオーナーの罠だったのです！
ホテルでルイージがうたた寝をしている間に、マリオ、ピーチ、キノピオたちがさらわれて、絵の中に閉じ込められてしまいます。
仲間を助けるため、ちょっぴり臆病なルイージは、「オヤ・マー博士」の発明した新型「オバキューム」を片手に、奇妙なフロアが続く「オバケホテル」での新たな冒険に旅立ちます。